جدا از مكتب خانه ها كه بنابه نياز اجتماعي و جايگاه مردمي آن درمساجد، از جايگاه
ويژه اي برخوردار گرديده و بسرعت گسترش يافت،مراکز آموزشي ديگري تحت عنوان مدارس ديني
بوجود آمد.اين نوع مدارس، تا مدتهاي مديد جاي خود را درمساجد حفظ نمود؛ بدين ترتيب
كه در بخشي از مساجد- حول و حوش محراب و گاه در شبستان يا ايوان-درجايي به نام (مدرس)،
طلاب از اساتيد بزرگ كسب فيض مي نمودند.در اين اثنا، شهروندان پاکستاني به منظورفراگيري
احكام قرآن،تفسير و احاديث در مسجد حاضر مي شدند. وفور كتب آموزشي،كثرت علما و فراواني
جويندگان دانش از يكسو و نيازهاي علمي و ديني جامعه از سوي ديگر به شكل گيري مراكز
علمي انجاميد كه نخستين شكل آن طي قرن چهارم هجري بصورت مدرسه علميه در كنار يا درون
مساجد ظاهر شد.از جمله مهمترين مدارس علوم ديني کشور پاكستان که متعلق به اهل سنت و
شيعه مي باشد، مي توان به موارد ذيل اشاره نمود :
مدارس علوم ديني اهل سنت
جامعه اشرفيه (لاهور)
مدرسه دارالعلوم (ملتان)
خير المدارس(ملتان)
جامعه اسلاميه (بهاولپور)
دارالعلوم حقانيه (اكوره ختك)
جامعه نعيميه (لاهور)
جامعه اشرفيه (پيشاور)
مركز تعلميات اسلامي (كراچي)
مدارس علوم ديني بريلويها
مدرسه نظير الايمان بريلي
مدرسه نعمانيه (لاهور )
مدرسه حزب الاحناف (لاهور)
مدرسه نعمانيه رضويه (لاهور)
حزب نعيميه (لاهور)
فيضيه رضويه (احمدپور)
مدرسه محمديه نموثيه (بهيره)
مدرسه اسلاميه- عربيه كمال اسلام (آستانه عاليه توگهره)
مدرسه رضاء المصطفي (بهاولپور)
مدرسه رضويه (رحيم يارخان)
مدرسه حنفيه فريديه (بصيرپور)
مدرسه رضويه نقشبنديه (سالنگر)
مدرسه حامديه رضويه (كراچي)
مدرسه انوارالعلوم (ملتان)
مدرسه امجديه (كراچي)
مدرسه رضويه عربيه (هارون آباد)
مدرسه رضويه ضياء العلوم (راولپندي)
مدرسه رضويه ضياء العلوم (راولپندي)
مدرسه نقشبنديه (فيض مصطفي)
مدرسه غوثيه (حولي گلها)
مدرسه محموديه رضويه (ييلان)
مدرسه رضويه نظير الاسلام (ملتان )
مدرسه رضويه نظير الاسلام (فيصل آباد)
مدارس علوم ديني شيعيان
حوزه علميه آيت الله حكيم (راولپندي)
مدرسه مؤمن (راولپندي)
مركز بزرگ ديني المنتظر (لاهور)
جامعة اهل بيت(اسلام آباد)
مدرسة مشارع العلوم (حيدرآباد)
مدرسه جعفريه (پاراچنار)
جامعة شهيد عارف حسين (پيشاور)
جامعة قبازرديه (سكردو)
جامعة محمديه (بلتستان)
جامعة الامام الحسين(كراچي)
جامعة اماميه (كراچي)
مدرسه جعفريه (كراچي)
مدرسه امام صادق (كويته)
مواد درسي اين مراكز همان مواد درسي حوزه هاي علميه ايران است و اكثر مدرسين اين
مراكز ديني نيز تحصيل كرده نجف اشرف و قم مي باشند.پس ازفوت(مفتي جعفرحسين) رهبر شيعيان
و نخستين رئيس نهضت اجراي فقه جعفري،رهبري شيعيان را (سيدعارف حسين حسيني)برعهده گرفت.هم
زمان بعضا(سيدحامدعلي شاه)رانيزرهبرميدانستند.پس ازشهادت(سيدعارف حسين حسيني)رهبريت
شيعيان وسياست نهضت اجراي فقه جعفري برعهدة(علامه سيد ساجد نقوي)قرارگرفت.درحال حاضر
اين سازمان با نام نهضت جعفريه به فعاليت خود ادامه مي دهد.
سازمان دانشجويان اماميه
اين تشكيل دانشجويي داراي برنامه منظمي است. افراد سازمان پس از خاتمه تحصيل وارد
سازمان اماميه مي گردند.اين سازمان كه تاريخ تأسيس آن به سال 1972باز مي گردد،
علاوه بر فعاليت هاي داخلي و دانشجويي، به فعاليت هاي اجتماعي نيزميپردازد که از
آن جمله مي توان به نشركتبي نظير نهج البلاغه،صحيفه سجاديه ومنتهي الامال اشاره
نمود.سازمان دانشجويان همچنين از1مركز انتشاراتي برخوردار است.